Петропавловская крепость входит в состав Музея истории Санкт-Петербурга. С Нарышкина бастиона Петропавловской крепости ежедневно производится полуденный выстрел сигнальной пушки.
В 1991 году на территории Петропавловской крепости установлен памятник Петру Великому работы скульптора Михаила Шемякина.
С начала XXI века на пляже Петропавловской крепости проводятся различные развлекательные мероприятия. Также проводятся экскурсии.
В настоящее время в крепости под видом реставрации проводится перестройка с применением современных строительных материалов (на толстый слой из монтажной пены, цемента и штукатурки наносится бутафорское изображение кирпичей. Также простая кирпичная кладка покрывается имитацией гранитных плит).